如何把PyTorch的GPU利用率提升到100%
作者: 吃果冻不吐果冻皮 来源: 吃果冻不吐果冻皮
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原文:https://fkong.tech/posts/2023-11-19-torch-gpu-util/
时至今日,GPU 的珍贵程度无需多言,再加上当前特殊的大环境,手头拥有的 GPU 更显得是一种稀缺资源。在过去的几年里,我们在许多 PyTorch 案例中发现,用户手中的 GPU 并未得到充分的发挥,存在着大量的浪费现象。这不仅是对昂贵硬件资源的一种浪费,也限制了计算任务的效率和速度。因此,我们要尽可能把手中的 GPU 充分利用起来。
GPU 利用率
GPU 利用率 (Utilization) 有多种衡量方式,其中最常见的一种是 GPU 上有计算和图形活动的时间占总运行时间的比例。如果 GPU 利用率不足100%,则说明 GPU 在程序运行的某些时间处在空闲状态,没有被充分利用起来。
测量 GPU 利用率通常有以下几种方式:
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NVIDIA System Management Interface (NSMI): nvidia-smi 包含一个设备监视器,在执行程序的同时通过 nvidia-smi dmon 可以查看许多 GPU 硬件数据,默认每一秒钟更新一次,其中的 sm % 列就是 GPU 利用率;
$ nvidia-smi dmon -o T -i 0
#Time gpu pwr gtemp mtemp sm mem enc dec jpg ofa mclk pclk
#HH:MM:SS Idx W C C % % % % % % MHz MHz
21:10:26 0 360 40 46 86 44 0 0 0 0 2619 1980
21:10:27 0 364 40 48 87 53 0 0 0 0 2619 1980
21:10:28 0 363 39 49 86 47 0 0 0 0 2619 1980 -
NVIDIA Nsight Systems (NSYS): 作为 GPU 的性能分析器,NSight System 的功能十分强大,虽然 NSight System 可以用来测量 GPU 利用率,但它的运行时开销并不小,导致测量 GPU 利用率这种简单指标时,会有测不准的现象。想要测准需要一定的技巧,这里不推荐初学者使用 NSight System 测量 GPU 利用率;
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NVIDIA Data Center GPU Manager (DCGM): 数据中心级 GPU 标配,通过 GPU Telemetry 可以实时观测到 GPU 的许多性能指标,例如 GPU 利用率、Tensor Core 利用率等等,目前许多数据中心上都已经配备了 DCGM,特别是在云上;
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NVIDIA Management Library (NVML): NVML 为 GPU 硬件数据提供了编程接口,开发者可以通过编程的方式访问 GPU 的各项数据,其中就包含 GPU 利用率,nvidia-smi 和 DCGM 的背后就是 NVML,推荐高级开发者使用;
这里我们最推荐的查看 GPU 利用率的方式是 nvidia-smi dmon ,它非常简单易用。
适用场景
GPU 利用率的高低依赖于用户手中的软硬件系统情况,还依赖于用户手中的应用程序特性 。
这里以 NGC PyTorch 23.09 (nvcr.io/nvidia/pytorch:23.09-py3) 为例,用经 ColossalAI 优化过的 Stable Diffusion V2 和 Stable Diffusion XL 的训练过程作为测试模型,前者被用作 MLPerf Stable Diffusion 的参考实现 (mlcommons/training/stable_diffusion)。GPU 为 NVIDIA H100 80GB HBM3 ,使用两种 CPU :
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Intel(R) Xeon(R) Platinum 8480C,DGXH100 标配,最大主频 3.8 GHz,2 sockets,共 112 个物理核;
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AMD EPYC 7413 24-Core Processor,最大主频 3.6 GHz,1 socket,共 24 个物理核;
测得 GPU 利用率如下:
ModelCPUBatch SizeGPU Utilization
Stable Diffusion 2.0 Intel(R) Xeon(R) Platinum 8480C 1 76%
Stable Diffusion 2.0 Intel(R) Xeon(R) Platinum 8480C 32 95%
Stable Diffusion 2.0 AMD EPYC 7413 24-Core Processor 1 55%
Stable Diffusion 2.0 AMD EPYC 7413 24-Core Processor 32 93%
Stable Diffusion XL 1.0 AMD EPYC 7413 24-Core Processor 1 38%
可见,软硬件系统和应用程序配置不同,GPU 利用率通常会有比较大的差异 。仔细观察以上数据,GPU 利用率从 38% 到 95% 不等,我们不难看到 GPU 利用率受以下因素影响:
*系统硬件配置 : 在 batch size 为 1 时,Stable Diffusion 2.0 在 AMD EPYC 7413 的 GPU 利用率为 55%,在 Intel(R) Xeon(R) Platinum 8480C 上的 GPU 利用率为76%,一个好的 CPU 更能充分发挥 GPU 的能力;
*GPU 上负载的大小 : 相同的软硬件和相同的模型,大 batch size 的 GPU 利用率就远高于小 batch size 的 GPU 利用率,例如 Stable Diffusion 2.0 在 8480C 上,batch size 为 32 时的 GPU 利用率是 95%,batch size 为 1 时的 GPU 利用率是 76%;
*应用程序特性 : 同样是 Stable Diffusion,更大尺寸的 SD XL 的 GPU 利用率比 SD 2.0 还要低;
实际上,影响 GPU 利用率的因素还有很多,而且往往是多种因素相互作用的结果。GPU 利用率低的最常见情况是每个 GPU 上的 batch size 过小 ,在以下 3 个场景中频发:
*大模型 : 随着模型参数的增多,需要的 GPU 内存也随之增长,当没有足够的内存存放 activation 时,就不得不通过减小 batch size 的方法来限制模型的内存使用量;
*大规模训练 (scale-out) : 如果模型在单 GPU 或单个 DGX 上的训练时间过长,就需要使用大量的 GPU 训练模型。模型的 global batch size 通常有一个极大值,受此影响,在大规模训练的场景中通常也需要降低单 GPU 上的 batch size;
*模型本身特性 : 一些模型本身的特性决定了其 batch size 不能过大,否则难以收敛,例如 SSD。当然,存在一些增大 batch size 的手段,但往往需要额外的代价;
根本原因
造成 GPU 利用率低的表象虽然五花八门,但其深层次的原因却是CPU 与 GPU 不协调: CPU 负载太多,或者 GPU 负载太少 。GPU 负载好理解,主要指的是 CUDA kernel 以及 CPU 和 GPU 之间必要的内存拷贝。这里的 CPU 负载有两层含义:
一是指CPU 参与的数据运算和逻辑控制 : 数据运算如 dataloader 中的数据增强,或者把输入的文本划分为 token 并转为 tensor,逻辑控制如判定要不要梯度裁剪。它们的共同特征是GPU 需要等来自 CPU 的数据或者决策完全就绪才能继续执行 ,一旦 GPU 需要这些数据或者决策,而 CPU 没有及时处理完,那么 GPU 就处在空闲状态,降低了 GPU 利用率。
二是指CPU 为调用 CUDA API 所做的准备和清理工作 : 比如一个 nn.Linear ,它最终调用了 cuBLAS 中的 GEMM,但 PyTorch 需要从 Python 前端执行到 C++ 后端,需要为输出 tensor 和必要的 workspace 分配内存,需要根据 device、合适的精度、正向传播/反向传播等一些列信息决定执行哪个算子,cuBLAS 需要根据输入参数的信息查询 heuristics 决定调用哪一个 CUDA kernel,PyTorch 还需要在调用 kernel 后维护计算图信息、执行必要的清理工作。调用一个 CUDA kernel 需要准备一系列复杂的运行时环境,这些都由 CPU 负责完成 。当模型中存在大量的小 CUDA kernel 时,CPU 准备运行时环境的时间就会超过 CUDA kernel 在 GPU 上的执行时间,造成 GPU 需要等待 CPU 完成运行时环境的准备,从而降低了GPU 利用率。
不幸的是,PyTorch 的设计以灵活易用为主,牺牲了一些性能方面的考虑。时至今日,PyTorch 的运行时环境已经非常复杂,同时一些不好的用户习惯带来了额外的运行时负担,造成 PyTorch 模型在使用过程中通常不能把 GPU 充分利用起来。
解决方案
知道了 GPU 利用率低的根本原因是 CPU 与 GPU 不协调,我们就可以对症下药,主要从两方面入手:降低 CPU 负载,和增加 GPU 负载 。
首先是硬件解决方案,如果你的硬件系统配置不合理,请及时升级硬件系统。好马配好鞍,好的 GPU 需要好的 CPU 驱动。合理的硬件系统配置,能够充分发挥 GPU 的能力。硬件系统升级并不是必须的(土豪例外),硬件系统升级也不一定能解决所有的问题,但有助于提升GPU利用率。
从增加 GPU 负载的角度,以下手段可以提升 GPU 利用率:
*增加每个 GPU 上的 batch size : 不是所有的场景都适用,GPU 数目不多且模型本身的 global batch size 较大时可以一试。除了直接增加单 GPU 上的 batch size,一些通过削减 GPU 内存使用量从而间接提升 batch size 的手段也可以考虑,包括但不限于 gradient/activation checkpointing,ZeRO,model parallelism,等等;
*共享 GPU : 当一个应用无法充分利用 GPU 时,也可以考虑通过多进程、Multi-Process Service (MPS)、Multi-Instance GPU(MIG) 等手段让多个应用共享同一个GPU,量化投资领域的机器学习模型就有此类案例;
从减小 CPU 负载的角度,以下手段可以提升 GPU 利用率:
*预处理/缓存 : 针对需要 CPU 重复处理的数据,可以在 training 开始前通过预处理把它保存到文件系统中,例如把 training 数据集中的文本转为 token,在预处理阶段把 token 保存在文件系统中,避免在 training 中实时处理数据;
*多线程 : 现如今的 CPU 基本上都是多核处理器,把主线程上的重负载任务分配给其他 CPU 核,从而降低主线程的工作量,避免主线程因任务繁重而无法及时调用 CUDA kernel;
CPU 与 GPU 流水线 : 把 CPU 和 GPU 组成软件流水线,确保 GPU 需要的数据及时就绪,例如在 GPU 执行当前 iteration 时,CPU 上的 dataloader 预取并处理下一个 iteration 的数据* ,从而避免由于 CPU 数据没有及时就绪而造成的 GPU 等待;
*迁移到 GPU 上 : 针对 CPU 负责的数据处理和逻辑控制部分,可以把他们迁移到 GPU 上,例如使用 DALI 在 GPU 上进行图像数据预处理,又比如梯度裁剪,原本是否进行梯度裁剪的 if/else 是在 CPU 上执行的,现在把整个梯度裁剪用 GPU 实现,包含其中的 if/else ;
*减少 CUDA kernel 数目 : 通过算子融合,可以把多个小 CUDA kernel 合并成一个大 CUDA kernel,原来 CPU 需要为每一个 CUDA kernel 准备运行时环境,融合后则只需要准备一次,这会显著降低 CPU 的运行时开销。能够有效减少 CUDA kernel 数目的手段包括但不限于 vertical fusion,horizontal fusion,multi tensor apply 等等;
消除 CPU 与 GPU 之间的同步 : CPU 与 GPU 之间的每一次同步,GPU 都会因为 CPU 在准备下一个 CUDA kernel 的运行时环境而进入空闲状态,甚至可能引起后续 CUDA kernel 的连锁反应,使得 CPU 没有足够的时间依次调用 CUDA kernel。移除 CPU 与 GPU 之间的所有同步点,可以把 PyTorch 程序变为异步(asynchronous, sync-free)* 程序,GPU 被 CPU 阻塞的概率大大降低。现阶段,不是所有 PyTorch 中的同步都可以被移除,个别同步点也比较难移除,好在绝大多数同步点都可以避免,例如 .cuda() 会导致一次同步,而 .cuda(non_blocking=True) 则不会有同步;
*CUDA Graph : CUDA Graph 是解决运行时开销的终极武器,它可以基本消除 PyTorch 的所有运行时开销,威力十分强大,但在 PyTorch 中有一定的使用难度,目前也仅限于 static shape 的模型,需要有一定的经验,可以参考 CUDA Graphs。在 PyTorch 中,CUDA Graph 又分为 Partial-network capture 和 Whole-network capture,前者要容易很多,但效果不如后者,Torch 2.0 中的 TorchInductor 也可以自动给一些子图自动应用 CUDA Graph;
在我们所遇到的案例中,上述方法基本都有被用到,但如果追求极致性能,异步和 Whole-network CUDA Graph 是必不可少的手段。针对 Stable Diffusion,当我们应用了这两个优化后,即使单个 GPU 的batch size 为 1,GPU 利用率也是 100%:
$ nvidia-smi dmon -o T -i 0
#Time gpu pwr gtemp mtemp sm mem enc dec jpg ofa mclk pclk
#HH:MM:SS Idx W C C % % % % % % MHz MHz
21:05:30 0 295 37 44 100 44 0 0 0 0 2619 1980
21:05:31 0 356 38 46 100 43 0 0 0 0 2619 1980
21:05:32 0 369 38 46 100 43 0 0 0 0 2619 1980
总结
总而言之,人工智能领域的竞争是分秒必争,GPU 等硬件资源十分稀缺且昂贵,提升 GPU 利用率十分有必要。一点小结:
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使用设备监视器查看 GPU 利用率;
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软硬件系统和应用程序配置不同,GPU 利用率通常会有比较大的差异;
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常见的 GPU 利用率低的案例有单 GPU 上 batch size 小、大规模训练等等;
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GPU 利用率低的根本原因是 CPU 与 GPU 不协调;
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提升 GPU 利用率主要从降低 CPU 负载和增加 GPU 负载入手;
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异步和 CUDA Graph 提升 GPU 利用率的终极手段;
虽然本文所述内容主要针对 PyTorch,但提升 GPU 利用率的原则和手段同样适用于其他框架和 CUDA 程序。
最后,把 GPU 利用率提升到 100%,只是端到端场景中优化深度学习模型性能的第一步,只有 GPU 利用率上来了,谈 GPU 的执行效率 (efficiency) 才是有意义的事情。
更多AI工具,参考Github-AiBard123,国内AiBard123